2006年,陳水扁因“國(guó)務(wù)機(jī)要費(fèi)案”被指貪污,從而引發(fā)臺(tái)灣七千多名政務(wù)首長(zhǎng)因特別費(fèi)支出而被調(diào)查和起訴。時(shí)任臺(tái)北市長(zhǎng)的馬英九,也被檢舉“將首長(zhǎng)特別費(fèi)挪至私用”,並遭到檢察官侯寬仁以“貪污罪”起訴。雖然馬英九在此案中純屬“躺槍”,但這讓一向以清廉形象著稱的馬英九“情何以堪”,憤而辭去黨主席,並在記者會(huì)表明“清白要用生命維護(hù),正義要用行動(dòng)證明”,宣佈參選2008年的臺(tái)灣“大選”。而當(dāng)時(shí)各項(xiàng)民調(diào)顯示,他的聲望不降反升。